Quant à la fracturation, elle est très importante et de nombreuses cavités sont axées sur des failles ou des diaclases. Deux de ces failles sortent du lot par leur longueur. La première, située à l'est de la région concernée et non loin du pied de la Tour de Famelon, est axée nord-sud et se développe depuis la base jusqu'au sommet des lapiaz; elle délimite en outre les zones de prospection H et G. La deuxième se trouve à une centaine de mètres à l'ouest; axée aussi nord-sud, elle est d'abord quasi parallèle à la première, puis elle s'incurve pour finalement la rejoindre au sommet des lapiaz. Plus que la première, cette faille joue en outre un rôle important pour les écoulements souterrains : on y trouve notamment le terminus actif de la Grotte Pernet, tandis que dans la Glacière "13", cette faille est certainement à l'origine du réseau amont-aval où s'écoule le ruisseau.