Les différentes entrées de la grotte s'ouvrent toutes dans la paroi de calcaires du Malm formant le flanc NW du synclinal de Naye. Au niveau de l'entrée supérieure, le pendage des calcaires est sub-vertical, mais en profondeur le pendage devient moins prononcé et prend une valeur moyenne d'environ 180/50. Dans les parties profondes du réseau, la lithologie change : les bancs deviennent plus minces, la patine est plus sombre et la composante argileuse est plus importante; nous entrons sans aucun doute dans la formation de l'Argovien-Séquanien. Cette transition est aussi très bien mise en évidence par l'hydrologie souterraine : les zones basses du réseau (Réseau du Jeûne, Salle des Sapins d'Argile, Puits-Qui-Chante, ...) se noient périodiquement; le niveau de base hydrogéologique est donc tout proche et il est évidemment constitué par l'Argovien-Séquanien et les formations sous-jacentes (Callovien et Bathonien); il ne faut donc pas espérer descendre plus profondément dans le réseau spéléologique.

L'intense fracturation marque profondément la morphologie du réseau. La particularité principale de la Grotte du Glacier est son caractère labyrinthique; on peut dénombrer jusqu'à trois ou quatre galeries superposées à des altitudes différentes. En parcourant ces galeries, on peut observer de nombreux miroirs de faille; certains endroits présentent des enchevêtrements de blocs aux dimensions respectables; ces blocs ont au moins une de leur face striée et relativement plate, démontrant une nouvelle fois la densité de la fracturation du massif rocheux.

Le réseau a connu un premier stade de creusement en régime noyé, car plusieurs galeries phréatiques sont observables. En outre, les marmites de corrosion, les culs-de-sac de galerie en abside et les grandes salles attestent d'une formation par "Mischungskorrosion" soit un mélange des eaux à teneurs en bicarbonate différentes. Par la suite le niveau de base s'étant d'abaisser, le creusement s'effectue en régime libre; certains tronçons de galeries présentent ainsi de beaux profils en trou de serrure ou en canyon. Lors de ces deux premières phases de creusement, il faut imaginer que la falaise limitant le flanc NW du synclinal de Naye n'existait pas encore. Les écoulements prenaient naissance dans l'anticlinal complémentaire (au NW du synclinal de Naye) et convergeaient en direction de l'axe du synclinal de Naye pour atteindre la base de l'aquifère du Malm; les résurgences devaient déjà se situer dans la terminaison SW des calcaires du Malm du synclinal. D'autres cavités dans une position tectonique similaire montrent de beaux profils en conduites forcées (Gouffre aux Choucas, Gouffre du Niton) et il faut encore signaler que dans les flancs de l'anticlinal de la Tinière (complémentaire du synclinal de Naye, mais au SE) on trouve aussi des grottes perchées présentant des galeries en conduites forcées ou en trou de serrure (Grotte no.8 de Malatraix, Grotte Vers-les-Courtils). Le creusement de ces différentes cavités doit s'être fait à peu près simultanément. Vu l'extrême densité de galeries, il est possible que certaines galeries aient une origine purement tectonique. Il est en tout cas certain que l'absence de galeries au sud du Réseau des Puits s'explique par l'importante faille à l'origine de cette vaste galerie : le mur de faille a dû créer localement un écran imperméable. Actuellement la majeure partie de la cavité est fossile, nous sommes essentiellement dans une phase de remplissage.