Le massif reçoit d'importantes précipitations, sous forme de pluie (environ 2800mm/an), mais aussi évidemment sous forme de neige; en altitude elle persiste six à sept mois par an. L'eau qui est ainsi collectée s'écoule dans deux directions opposées : Une partie est tributaire du bassin du Rhône en s'écoulant au SW vers le Lac Léman; l'émergence principale se trouve aux Sources de Grandchamp (plusieurs captages). L'autre partie dépend du bassin du Rhin en s'écoulant au NE vers le vallon de l'Hongrin où plusieurs petites sources sont connues.

La délimitation du bassin versant des Sources de Grandchamp est maintenant mieux connu grâce au traçages effectués en 1987-1989 (voir articles de M.Looser dans les Bulletins des Culs Terreux no.145 à 147). Dans cette délimitation, il est montré que l'alimentation des sources est plus rapide en période de hautes eaux, mais le plus étonnant est de constater que la plus grande partie de la Combe de Naye, dont l'aspect en surface montre une inclinaison vers le vallon de l'Hongrin, est en fait sujette au bassin d'alimentation des Sources de Grandchamp.

Dans la combe de Naye, un petit ruisseau temporaire s'engouffre sous terre par la Grotte du Petit Lac qui est située dans la partie supérieure de la combe, là où la pente du synclinal est orientée en direction du Léman. Dans ce cas, une liaison avec les Sources de Grandchamp semble tout à fait logique. Par contre, dans d'autres cavités situées un peu plus bas (Grotte du Glacier, Gouffre de la Perta Décrin, ...), les ruisseaux souterrains s'écoulent en direction de l'Hongrin et se terminent tous par des lacs siphonnant sans continuation apparente. Il semble donc qu'il existe un phénomène de "stockage"au niveau des couches imperméables, mais après est-ce que ces écoulements change de sens pour prendre dans une direction complètement opposée ? Actuellement, les explorations spéléologiques n'ont pas encore pu résoudre cette question.

Quant à la zone de la Dent de Hautaudon (y compris le ruisseau du Gouffre de Chenau), elle dépend très certainement du bassin versant de l'Hongrin. Une belle source peut être notamment observée au pied des falaises juste avant le pont situé au point 989m de la CNS.